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同时，刘庄又委任开国元勋邓禹为太傅，同母弟东平王刘苍为骠骑将军，光武朝太尉赵憙保留原职，使宗室、功臣、官僚集团都有了自己的政治代表。同时对生母阴太后、异母郭圣通都非常尊重，平等对待，赢得了外戚和臣下的好评。[]
严苛驭下，威慑百官
刘庄对下面的官员非常严厉，因为父亲光武帝施政时对大臣比较宽松，是由于他的威望高，而明帝是没有他父亲那样的威信的，靠他的威望驾驭自己父亲那些老臣，显然是不够的。所以他对于官员是很苛刻的，这在两汉诸帝中是不多见的。
刘庄曾下诏赐予投降的胡人十匹缣（丝织品），而尚书台执行的时候，不小心将“十”看成了“百”，刘庄得知后，大怒，把尚书郎召集前来准备杖责。尚书仆射钟离意来到后，磕头说：“过失错误，常人难免。若以懈怠轻慢为罪责，臣官大，罪重，而尚书郎官小，罪轻，臣应当先坐。”于是脱下衣服准备挨打。刘庄明白其意，便对诸尚书郎从轻处罚。
刘庄生性褊狭苛察，喜欢用耳目（眼线）揭发百官的隐私，因此公卿大臣多次被诋毁，身边的近臣以及尚书以下的都被“提拽”。曾有一次，被尚书郎药崧惹怒，刘庄便抡起木棍打药崧。药崧逃到床下躲避，刘庄更加愤怒，呵斥：“出来，出来！”药崧说：“天子穆穆，诸侯煌煌，没有听说过君主亲自起来打郎官的。”刘庄听后放过了他。朝廷上文武百官听说此事后，无不恐惧战栗，争相严格办事，以逃避责罚。
刘庄曾对群臣说：“百官上应列宿，出则主宰百里外的全国各地，如果其人不正，则百姓要受其殃，所以才对百官严格治理。”因此，刘庄在位时期，官吏称职，民安其业，远近肃然敬服，户口连年增长。[]
打击宗室
光武帝时，对同姓宗室王限制比较严格。自己的十个儿子虽然都封王，但封地都比较小，较之西汉的同姓王差得很多。而且在郡国内，没有任何实际的权力。
明帝的同母弟刘荆是光武诸位皇子中比较有才能的一个，他给废太子刘疆写信，说他无罪被废，应该从自己的封地东海起兵，像汉高祖那样取天下、即皇位。刘疆接到书信后吓坏了，马上把信交给刘庄。刘庄没有追究此事。后来羌人和东汉作战，刘荆又四处活动。刘庄又让他去封地。去了封地，他问相士，我长得像先帝，先帝三十岁当皇帝，我如今也已三十，可以起兵吗？吓得相士赶快告诉郡国的官员，刘荆害怕，自投监狱。刘庄又没有追究。后来刘荆又使巫祭祀祝诅，被郡国的官吏报告，惶恐之下自杀。
光武帝与许美人所生的楚王刘英，在明帝当太子时就和明帝关系不错。刘英结交宾客，又在封国作金龟玉鹤，刻文字为符瑞，积极准备造反。被一个叫燕广的人告发，有司奏情要求诛杀他，刘庄不忍，只是把他罢免流放。后来刘英自杀。刘庄发现刘英结交士人官吏的名录，为此兴了大狱，株连了很多人。[]
郭皇后生的两个儿子刘康和刘延也在封国结交宾客，图谋不轨，但因为不像刘荆、刘英那么严重，所以只是被削减封地。[]
限制豪强
光武中兴后鉴于王莽篡位，所以对外戚还是有所限制，但同时他又利用外戚来防范宗室。在大司马吴汉死后，光武想让自己的小舅子阴兴接任大司马，因为大臣的反对才做罢，但死后仍然让自己的女婿梁松辅政。
明帝即位后，一改光武为政时的柔道，而大刀阔斧地代之以刚猛。刘庄根据光武帝生前的意思，画将于云台，但对自己的岳父马援却不予收入，这就给大臣们一个信号，就是自己要限制和约束外戚。而且，他在位时，他的三个大舅子、小舅子马廖，马光，马防都位不过九卿。
随后他就开始处理外戚和豪强们，功臣、大司空窦融不善于约束自己的家人和子弟，结果子孙多不法。窦融从兄子窦林坐欺罔及
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