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矣”。郑经被说服，同意设立学校，发展台湾文教事业，并授命陈永华负责有关事宜。
陈永华创建一套自上而下较为完整的教育体系。全台设立“国子监”，为最高学府，各府、州、县设立“府学”、“州学”、“县学”。推行大陆的科举制度。规定台湾儿童必须“八岁入小学，课以经史文章”。三年两试，“照科、岁例开试儒童。州试有名送府，府试有名送院，院试取中，准充入太学，仍按月月课。三年取中试者，补六官内都事，擢用升转”。于是，台湾人民“自是始奋学”。教育和科举制度的施行，促进了中华传统文化在台湾的传播。
其次，陈永华在自己的府邸承天府宁南坊择地建造圣庙学院。1666年春正月，圣庙建成，旁建明伦堂。三月，又建学院，陈永华亲任主持，聘请礼官叶亨为国子助教。学校初建，急需大量的教育人才。陈永华一方面通过各种途径延聘大陆知识分子渡台，“以教秀士”。另一方面，当时迁居台湾的明代遗臣“多属鸿博之士”，鼓励他们发挥余热，协助传播中原文化。
1674年，陈永华任东宁总制使。这时三藩叛乱，受耿精忠约，郑经率师伐清。郑经子郑克臧监国，陈永华于是协助女婿郑克臧总管台湾政务，遂遭冯锡范、刘国轩嫉恨排挤。1680年3月，陈永华自请解除兵权，因忧悒成疾，当年在台湾病逝。郑经亲临吊丧，谥文正。
陈永华死后，葬在今台南县柳营乡，后来清朝把他的骸骨迁葬回福建泉州，现存的仅是空冢。此外，民众为感念他的德泽，还设庙祭拜，就是今日台湾台南市中西区府前路上的“永华宫”;“永华路”同样也是为了纪念他而命名的。