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。他曾经为自己的嫡长子褚英做过类似皇太子一样的安排，褚英被处死之后，他又安排二儿子代善监理国政，并一度让他和自己一样，一个人兼任了两个旗的旗主。努尔哈赤表示，自己百年之后，要将深受宠爱的大妃，还有年幼的子孙们托付给代善。从而，一度使代善的权势极为显赫。这可能是那些贝勒大臣们看到大妃与代善眉目传情时，谁都不敢废话的原因之一。(《满文老档》，太祖卷十四。)
如果仅仅从汉族士大夫和中原皇家政治的角度看，完全可以将此理解成是老皇帝在以名位后事交代继位者。但假如考虑到女真人上述事实上盛行着的多种婚姻制度的话，努尔哈赤的这番话则完全应该被理解成，自己死后，不但允许儿子代善继承自己，还希望他娶养无血缘关系的庶母——大妃。否则，这位大妃的举止怎么会如此荒腔野板，离谱得无法理喻?从她的一生行事判断，假如不是置身于这种多种婚姻文化氛围之中，这位史书记载中“有机变”的大妃，应该断不至于会错意到如此程度才对。
倒是准太子代善，很有可能因为心智、性情上的厚道和缺少智略，身处其中的文化氛围，再加上权势显赫导致忘乎所以，才真的会错了意。在人性的层面上，他可能并不真正了解其父的真实想法与性情，于是，将努尔哈赤所说的、所想的和所要做的当成了同一回事儿，忘记了死后是死后，而现在活着是活着的道理。结果，真实的情形可能是：努尔哈赤痛恨自己还活着时就开始眉来眼去的大妃和代善。不久，就将代善独掌的两红旗，分出去了一旗，交给代善的儿子岳托。从而，代善自己失去了父亲的欢心，被迅速灰头土脸边缘化，也害了那位大妃。
努尔哈赤的处理很有意思，他放出风去，说是要搜查大妃私藏的财物。大妃便慌慌张张把财物分送到各处藏匿，结果，全部被搜查出来，包括藏在儿子阿济格家的三百匹绸缎。史书记载说：大妃阿巴亥“虽然有机变，却终于为努尔哈赤的英明所制服”，可能就包括了这件事情。随后，努尔哈赤宣布：“该大妃奸诈虚伪，人所有的邪恶她全都有。我努尔哈赤用金银珠宝从头到脚地妆饰你，用别人见所未见的上好绸缎供着你，养着你，你竟然不爱你的汗夫，把我蒙在鼓里，去勾引别人，难道不该杀吗?”随后，将这位大妃休弃。当时，努尔哈赤另外一位蒙古族的小妃子也加入战团，揭发阿巴亥。史书中说，大妃阿巴亥好嫉妒，大约由此可以得到证实。(《满文老档》，太祖卷十四。)
或许，努尔哈赤对阿巴亥的情意并未泯灭，故不到一年又将她接回，继续做大妃。在成书时间最早的清代官方史书《太祖武皇帝实录》中，记载道：由于大妃有机变且好嫉妒，使努尔哈赤觉得不快，“留下她恐怕身后会祸乱国家，于是预先给诸王交代遗言说：‘等我死时，必须命令她为我殉葬。’”后来，努尔哈赤死后的第二天一大早，诸王便来向她转达努尔哈赤的命令，大妃支吾不从。诸王说：“先帝有命令，想不遵从是不可能的。”最后，在诸王寸步不让的坚持下，大妃阿巴亥自缢而死。也有史书认为，她是被用弓弦勒死的。就此，阿巴亥之死遂成为前清历史上最重要的谜团之一，引发出无数猜想与争论。